La botánica criptogámica estudia las especies vegetales que no poseen flores y que tienen sus órganos reproductores encubiertos. Este grupo está formado por las algas marinas y de agua dulce, los musgos (Bryophyta), los líquenes, los hongos (Fungi) y los helechos (Pteridophyta). En Canarias, esta parte de la botánica tiene gran importancia, ya que estas especies han colonizado zonas de lavas recientes, muy abundantes en las Islas. Aunque se trata de vegetales por lo general poco conocidos, muchas de las especies que componen este grupo son exclusivas de las Islas.

Dentro del grupo de las criptógamas, el de los hongos es el más numeroso y diferenciado. No poseen clorofila, lo que los hace incapaces de realizar la fotosíntesis. Los hongos han ejercido una gran influencia en la vida del hombre. Aunque es verdad que un gran número de ellos producen enfermedades, otros son la base de muchas industrias de fabricación de alimentos (fermentación del pan, vino, cerveza, té, etc.), para la producción de algunas vitaminas y ácidos orgánicos, aparte de ser una fuente de alimentación.

Si hacemos un rápido paseo por los pisos bioclimáticos de Gran Canaria, podremos decir que algunos grupos abundan más que otros, dependiendo de factores como el sustrato, la salinidad, etc. Por ejemplo, en el piso basal, debido a los altos niveles de salinidad, muy pocas especies de hongos y criptógamas pueden sobrevivir, y encontramos pocas especies de líquenes. En los sustratos rocosos podemos encontrar hongos, y en los arenosos, algunos musgos que evolucionan a pesar de la inestabilidad del terreno. En las zonas de monteverde, como barranco Oscuro, en cambio, la mayor parte de los grupos adquieren gran importancia ya que, según las necesidades de cada uno, se van situando en las distintas capas del bosque. Son muy importantes en este piso los helechos, que necesitan un gran aporte de humedad. En los pinares, como el de Tamadaba, según la exposición de la masa arbórea, encontramos un grupo u otro, ya que por ejemplo, en las copas de los árboles se ubican algunos líquenes y en los troncos, especies de musgos y otros líquenes diferentes; en cambio, el suelo es pobre en estos últimos y sólo en los más húmedos podemos encontrar algunos hongos.